Veteranët e luftës kundër nazizmit dhe historianët, që studiojnë tragjedinë e Holokaustit, shprehën indinjim. Heinrich Mueller konsiderohet përgjegjës për vrasjet masive të hebrenjve gjatë Luftës së Dytë Botërore.

Aktualisht shefi i Gestapos zyrtarisht konsiderohet i zhdukur pa lënë gjurmë. Rreth zhdukjes së një prej figurave kryesore të Rajhut të Tretë kanë ekzistuar shumë versione kontradiktore. Janë hedhur hipoteza se ai ka qenë në gjendje të arratiset nga Gjermania dhe të emigrojnë në Amerikën Latine, të tjerë mendonin se ai ka dezertuar në anën e ushtrisë sovjetike.