Mazowiecki u vu në krye të qeverisë së parë jo-komuniste të pasluftës në Poloni në shtator të vitit 1989 dhe e mbajti këtë post deri në janar të vitit 1991. Tre vitet e fundit ai ka qenë këshilltar i Presidentit të Polonisë Bronislaw Komorowski për çështjet ndërkombëtare.