Islamistët dhe Tuaregët, të cilët kontrollojnë zonat veriore të vendit, synojnë shpalljen e autonomisë. Qeveria refuzon ta diskutojë këtë çështje.

Në prill të vitit 2012 Tuaregët shpallën një shtet të pavarur në veri të Malisë. Më vonë ky territor ra në dorë të islamistëve. Këta të fundit u dëbuan nga qytetet e mëdha nga ushtria franceze dhe maliane. Dështimi i negociatave kërcënon armëpushimin ekzistues.